A Baía de Guanabara transformou-se num dos ecossistemas mais degradados da costa brasileira, em decorrência de um acelerado e desordenado processo de urbanização Desde 1992, o MAQUA pesquisa os cetáceos ocorrentes na Baía de Guanabara e áreas adjacentes, dando ênfase ao boto-cinza, Sotalia fluviatilis. O boto-cinza utiliza as águas da baía durante todo o ano, para alimentação, cria de filhotes e descanso.

Além da degradação ambiental, também representam ameaças à conservação do boto-cinza a atividade pesqueira e o trânsito de embarcações na região.
Inicialmente, foram realizadas observações diretas dos grupos de boto-cinza e recolhimento de carcaças. A partir de 1995 foram iniciados estudos de ecologia por meio da técnica de foto-identificação e os botos passaram a ser catalogados com base em suas marcas naturais.

O  MAQUA, em paralelo com a pesquisa, desenvolve atividades de educação ambiental e divulgação nas comunidades do entorno da Baía de Guanabara, utilizando o boto como símbolo de suas campanhas educativas.