No início de 1992 foi criado, por iniciativa de alunos de graduação, um grupo de trabalho denominado Projeto Mamíferos Aquáticos (Projeto MAQUA). Tal grupo desenvolve trabalhos de pesquisa na área de mamíferos aquáticos, sendo pioneiro nesta abordagem dentro da UERJ.

Suas pesquisas iniciaram-se na Baía de Guanabara com o boto-cinza, Sotalia guianensis (Cetacea, Delphinidae). No começo, o trabalho restringia-se a observações dos botos em ambiente natural, sendo desenvolvido paralelamente o recolhimento de carcaças e um esforço conservacionista, baseado em iniciativas de educação ambiental.

Contando ainda com uma estrutura muito precária, o trabalho foi expandido para outras áreas da costa do Estado do Rio de Janeiro. Primeiramente, nestas novas áreas, apenas eram realizados recolhimentos de cetáceos encalhados mortos. Porém, em 1993, o trabalho foi estendido para região sul do Estado, mais especificamente para a Baía de Ilha Grande. Neste mesmo ano, o Projeto começou também a desenvolver na Região dos Lagos atividades ligadas a educação ambiental, principalmente nos municípios de Cabo Frio, Arraial do Cabo e Búzios.

A partir desse momento, já sob a coordenação da Profa. Dra. Izabel Maria Gonçalves do Nascimento Gurgel, foi criada uma linha de pesquisa no Departamento relativa à ecologia de Mamíferos Aquáticos, sendo formalmente implantados projetos vinculados tanto à área de extensão (junto a SR3), quanto à área de pesquisa (junto a SR2), que se encontram ativos até o momento.

Foi dado início a uma nova fase no trabalho do Projeto MAQUA, aonde começaram a ser desenvolvidos trabalhos avançados dentro do campo da oceanografia biológica e também da extensão universitária. As sub-reitorias envolvidas reconheceram tal esforço e passaram a dar condições de trabalho que permitiram o alcance de objetivos mais audaciosos. O Projeto passou a contar com uma estrutura mínima: um local próprio de trabalho, barco, máquina fotográfica profissional, computadores, telefone, entre outros.

O MAQUA ganha, a partir daí, um espaço destacado junto à comunidade acadêmica, sendo precursor de trabalhos pioneiros no Brasil, como estudos ecotoxicológicos relativos à bioacumulação de poluentes em cetáceos, assim como desenvolvimento de técnicas para o estudo ecológico de golfinhos e baleias.

A UERJ torna-se então uma referência para o trabalho com mamíferos aquáticos no Brasil, sendo reconhecida tanto no meio universitário quanto por parte de órgãos de governo (Secretarias Municipais de Meio Ambiente, Corpo de Bombeiros, Companhias de Limpeza Urbana, do IBAMA, entre outros).

O trabalho do MAQUA pode ser dividido em três linhas principais: o recolhimento de carcaças, a pesquisa em ecologia com animais vivos e a educação ambiental.